哈尔滨医科大学“生物信息学软件”2007年硕士研究生教学大纲

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课程编号： b046 开课教研室： 医学数学与生物医学工程学教研室
总学时数： 30 学 分：1.5
主讲教师： 李霞 开课学期：第3学期
教材名称： 生物信息学理论与实践 出 版 社：科技出版社
出版时间： 2004年9月 主 编：李 霞 郭 政
课程简介：生物信息学课程是一门数学、计算机、生物医学交叉结合的学科，软件分析、计算机计算是其主要的科研工作形式。作为应用型生物信息学人员，必须掌握生物信息学各个研究领域内最基本的专业软件原理和使用方法。本课程基本覆盖生物信息学（特别是基因组学）的各大研究领域，介绍了影响力较大的代表性软件的原理和方法。
教学目的： 通过本课程的学习，使学生了解及掌握常用的生物信息学软件的原理和使用方法，能够应用这些软件进行初步的生物信息学分析。
教学重点及要求掌握的内容：
教学重点是生物信息分析的目的、解决问题和求解的思想原理，涉及到代表软件的参数和模块的意义。要求学生达到如下要求：
1.掌握常用的生物信息学软件的基本原理和使用方法；
2.熟悉生物信息学软件应用和生物数据库的操作；
3.能较熟练地在计算机上操作某些生物信息软件和具体问题的简单分析。
实践内容及项目：
进行如下实习：核酸序列分析；引物设计分析；进化树分析；分子三维构效分析；
基因连锁定位分析；基因芯片数据预处理；
参考书目：
primer premier软件使用说明
oligo软件使用说明
generunner软件使用说明
blast软件使用说明
fast软件使用说明
anthepro软件使用说明
bcm search launcher软件使用说明
pred-tmr软件使用说明
vhmpt软件使用说明
nexus软件使用说明
phylip软件使用说明
treeview软件使用说明
arlequin软件使用说明
pov-ray软件使用说明
icm软件使用说明
q-sar软件使用说明
mol2mol软件使用说明
plasmid processor软件使用说明
pdraw 32软件使用说明
chemoffice软件使用说明
ppap软件使用说明
s.a.g.e. 软件使用说明
array designer软件使用说明
genepix软件使用说明
gcg软件使用说明