所本部主要有3个开放实验室:《生命有机国家级重点实验室》、《金属有机化学国家重点实验室》、《中国科学院有机氟化学开放实验室》;和6个研究室:现代有机合成研究室、元素有机化学研究室、物理有机化学研究室、高分子研究室、分析化学研究室、计算机化学和化学信息学研究室。此外,建有国家技术监督局计量认证和中国实验室国家认可委员会认可的分析测试中心,与上海三维制药公司联合成立的三维药物研究中心,与香港大学、香港中文大学等联合组建的沪港化学合成实验室。受中国化学会委托,负责编辑并出版《化学学报》、《有机化学》和《chinese journal of chemistry》三种刊物。
上海有机所的图书馆拥有齐全的化学学科书刊,藏书40余万册,其中外文书刊占80%以上,订阅期刊近600种,其中外文版期刊约占60%。每年均以一定比例投入经费增加书刊藏量,至2005年用于购置外文书刊和数据库的经费已达285万元/年。近年来,又引进了一系列专业数据库系统,如:scifincer, crossfire, web of science, acs, rsc等。我所图书馆书刊的新、全特色在国内化学界享有盛誉。1997年启用的4000 m2新图书馆,还能提供丰富的计算机化的信息资源和文献检索,实行书库阅览一体化和文献检索计算机化的管理,极大地改善了研究生阅览和查阅文献的条件。