黄教授主要研究兴趣为政治学方法论和比较政治学，特别是调查研究，定量方法和选举行为分析。他在《美国政治学评论》（American Political Science Review）、《美国政治学杂志》（American Journal of Political Science）、《美国政治学季刊》（American Politics Quarterly）等国际性学术刊物，以及《亚洲研究》《中国经济评论》《中国政治学评论》《比较政治研究》等刊物发表论文多篇。参与主编的英文著作有Inherited Rivalry: Conflict Across the Taiwan Strait (Lynn Rienner, 1995)，中文著作有《政治分析的层次》（台北：韦伯文化事业出版社，2001）。
黄教授还是“台湾选举与民主化研究”（TEDS）研究项目校际九人委员会的协调人，中文刊物《台湾政治学评论》的主编。