校徽1900年决议合并三书院,以宫巷书院为基础,在苏州天赐庄博习书院旧址,扩建为大学。1900年12月制定校董会章程,推林乐知(Young J. Allen)先生(万国公报创办人)为董事长、孙乐文先生(David L. Anderson)为校长。二十世纪初中国第一所民办大学东吴大学正式诞生。
东吴大学创办初期之二十六年,历经三位美籍校长孙乐文(David L. Anderson)、葛赉恩(John W. Cline)及文乃史(W. B. Nance)。这个时期的办学经费主要来自于捐款及学费。校园内的教学大楼林堂、孙堂及葛堂及教职学生宿舍等设施陆续兴建完成,校园规模日趋完整。学科发展包括文、理、医学、神学及法科(在上海昆山路),另有四所附中、二十所附小、惠寒小学、吴语学校等组成完整的东吴教育体系。各学科除在学术研究上表现突出,更为社会培养无数专业人才。学校以「Unto a Full-grown Man」为校训强调学生人格的陶冶。
东吴大学实际上是在苏州的宫巷中西书院的基础上发展而成的。1895年,中国在甲午战争中惨败,激发了年轻人学习西方知识的热情。1896年,苏州监理会宫巷教堂牧师孙乐文(D.L.Anderson)为回应一群年轻的中国学者学习英语的要求,在苏州开办了宫巷中西书院(Kung Hang School),第一批学生有25人。到1898年11月,学生已超过100人。
1899年,监理会决定在苏州开办一所大学。1900年12月该校董事会在上海组成,孙乐文被选举为新大学的首任校长。新大学取名为东吴大学堂,当时成立文理,医和神学三科,辛亥革命后改称东吴大学。1901年6月24日,在美国田纳西州以“Central University in China”名称注册。