根据方舟子自己的介绍,他在1985年考入中国科技大学生物系,就读细胞生物学专业,1990年毕业。同年,方舟子进入美国密歇根州立大学(Michigan State University)的生物化学系,师从Dr.Z.
F. Burton,方舟子大约在1995年底获得博士学位,因为他在1996年1月就开始到罗切斯特大学(University of Rochester) Dr. Martin A. Gorovsky的实验室作博士后研究。1997年5月,方舟子离开罗切斯特大学,到位於加州的“索尔克生物研究院”(The Salk Institute for
Biological Studies) 作第二任博士后研究。1998年底,方舟子离开“索尔克生物研究院”。从此以后,我们这位“科学斗士”与科学实验室彻底诀别。